Enquanto estava no ministério, Nogueira editou uma portaria que dificultava a repressão do trabalho escravo. A medida provocou reações tanto no cenário nacional quanto internacional. A Organização Internacional do Trabalho (OIT), deixou claro que a nova regra poderia aumentar a fragilidade da população. A procuradora-geral da República, Raquel Dodge, por sua vez, classificou a medida como retrocesso e a ministra do Supremo Tribunal Federal, Rosa Weber, por fim, suspendeu os efeitos da medida.
O Ministério Público Federal do Distrito Federal propôs uma ação de improbidade administrativa contra Nogueira, sob a justificativa de que sua gestão agiu deliberadamente para enfraquecer a luta contra o trabalho escravo.
